V práci - dva příběhy, z nichž každý se vyvíjí nezávisle. První akce se odehrává v Moskvě v průběhu několika květnových dnů (dny jarního úplňku) ve 30. letech. XX století, druhá akce se také koná v květnu, ale ve městě Yershalaim (Jeruzalém) téměř před dvěma tisíci lety - na samém začátku nové éry. Román je postaven tak, že kapitoly hlavního děje jsou rozptýleny s kapitolami, které tvoří druhý příběh, a tyto vkládací kapitoly jsou buď kapitoly z mistrovského románu, nebo příběh očitých svědků k událostem Wolandu.
V jednom z nejžhavějších květnových dnů v Moskvě se objeví někdo Woland, který vystupuje jako specialista na černou magii, ale ve skutečnosti je to Satan. Je doprovázen zvláštním doprovodem: hezká čarodějka-upírka Gella, drzý typ Koroviev, známý také jako Bassoon, pochmurný a zlověstný Azazello a vtipný tuk Fatem Behemoth, který se z velké části objevuje před čtenářem v podobě černé kočky neuvěřitelné velikosti.
První, kdo se setkal s Wolandem v patriarchových rybnících, jsou redaktor tlustého uměleckého časopisu Michail Aleksandrovich Berlioz a básník Ivan Bezdomny, který napsal o Ježíši Kristu biblickou báseň. Woland zasahuje do jejich rozhovoru a tvrdí, že Kristus skutečně existoval. Jako důkaz, že existuje něco, co člověk nemůže ovlivnit, Woland předpovídá, že ruská dívka z Komsomolu odřízne hlavu Berlioze. V očích šokovaného Ivana Berlioz okamžitě spadne pod tramvaj, která je ovládána Komsomolovou dívkou, a jeho hlava je uříznuta. Ivan se neúspěšně pokouší pronásledovat Woland a poté, co se objevil v Massolitu (Moskevská literární asociace), tak zmateně stanoví sled událostí, že je převezen na příměstskou psychiatrickou kliniku profesora Stravinského, kde se setká s hlavní postavou románu - mistrem.
Woland, přicházející do bytu číslo 50 domu 302 bis na ulici Sadovaya, který pozdní Berlioz obsadil s ředitelem divadla Variete Stepanem Likhodeevem, a jeho nalezení ve stavu těžkého kocoviny, mu dává smlouvu podepsanou jím, Likhodeevem, na výkon Wolanda v divadle, a pak ho odveze pryč z bytu a Styopa nevysvětlitelně skončí v Jaltě.
Nikanor Ivanovič Bosoy, předseda bytového partnerství č. 302a, dorazí do bytu č. 50 a najde Koroviev, který žádá o pronájem tohoto bytu Wolandě, protože Berlioz zemřel a Likhodeev byl v Jaltě. Po dlouhém přesvědčování Nikanor Ivanovič souhlasí a dostává od Korovjeva kromě poplatku stanoveného ve smlouvě 400 rublů, které skrývá při větrání. Téhož dne přišli do Nikanoru Ivanoviče se zatykačem za uložení měny, protože tyto rubly se proměnily v dolary. Ohromený Nikanor Ivanovič spadá na stejnou kliniku profesora Stravinského.
V tuto chvíli se finanční ředitel Variete Rimsky a administrátor Varenukha neúspěšně pokoušejí najít zmizelého Likhodeeva telefonicky a jsou zmatení, přijímají od něj telegramy od Jalty a žádají ho, aby poslal peníze a potvrdil svou totožnost, protože byl v Jaltě opuštěn hypnotizérem Woland. Když se Rimsky rozhodl, že je to Likhodeevův hloupý vtip, shromáždil telegramy, poslal Varenukhu, aby je „tam, kde je to nutné“, ale Varenukha neudělal: Azazello a kočka Behemoth, popadl ho za paži, vydal Varenukhu do bytu č. 50 a z polibku nahá čarodějnice Gella Varenukha je zbavena pocitů.
Večer začíná na jevišti Divadla Variety představení za účasti velkého kouzelníka Wolanda a jeho družiny. Fagot s výstřelem z pistole způsobuje v divadle peněžní déšť a celá hala zachytí padající kusy zlata. Poté se na jevišti otevře „dámský obchod“, kde se může každá žena z těch, kteří sedí v hale, oblékat zdarma od hlavy až k patě. Přímo tam je postavena fronta, ale na konci představení se chervonety mění na kousky papíru a vše, co se získalo v „dámském obchodě“, zmizí beze stopy, což nutí nadšené ženy, aby se vrhly po ulicích ve stejném prádle.
Po představení Rimsky setrvává ve své kanceláři a k němu se Gella políbí v upíra Varenukhy. Když viděl, že nevrhá stín, Roman je smrtelně vystrašený a snaží se utéct, ale upír Gella přichází na pomoc Varenukhovi. S rukou zakrytou v mrtvých bodech se snaží otevřít okenní šroub a Varenukha stráže u dveří. Mezitím přijde ráno, uslyší se první výkřik kohouta a upíři zmizí. Rimsky, aniž by ztratil minutu, okamžitě zmizel v taxíku šedě, spěchal na stanici a odešel expresním vlakem do Leningradu.
Mezitím se Ivan Bezdomny, když se setkal s Mistrem, vypráví o tom, jak se setkal s podivným cizincem, který zabil Mishu Berlioze. Mistr vysvětlí Ivanovi, že se setkal na patriarchách se Satanem, a vypráví o sobě Ivanu. Jeho milovaný se jmenoval jeho milovaná Margarita. Jako trénink historik pracoval v jednom z muzeí, když najednou neočekávaně získal obrovskou částku - sto tisíc rublů. Nechal práci v muzeu, pronajal si dvě místnosti v suterénu malého domu v jednom z Arbatských pruhů a začal psát román o Pontius Pilátovi. Romantika byla téměř hotová, když náhodou potkal Margaritu na ulici a láska okamžitě zasáhla oba. Margarita byla provdána za hodného muže, žila s ním v sídle na Arbatu, ale nemilovala ho. Každý den přišla k pánovi. Aféra se chýlila ke konci a byli šťastní. Nakonec byl román dokončen a mistr ho vzal do časopisu, ale tam ho odmítli vytisknout. Byl však vytištěn úryvek z románu a brzy se v novinách objevilo několik zničujících článků o románu, podepsaných kritiky Arimanem, Latunským a Lavrovichem. A pak mistr cítil, že onemocní. Jednou v noci hodil román do trouby, ale utekl, poplašeně, Margarita popadla poslední hromadu listů z ohně. Odešla a vzala si s sebou rukopis, aby se rozloučila se svým manželem a navždy se vrátila ke své milence navždy, ale čtvrt hodiny poté, co odešla, zaklepali na okno - vyprávěli Ivanovi svůj příběh, na tomto místě Mistr snížil hlas šeptem - a teď o několik měsíců později, v zimní noci, když přišel do svého domu, zjistil, že jeho pokoje jsou obsazené a šel na novou příměstskou kliniku, kde žije čtvrtý měsíc, bez jména a příjmení, jen pacient z pokoje 118.
Dnes ráno se Margarita probudí s pocitem, že se něco stane. Otřela si slzy, přejde listem spáleného rukopisu, podívá se na fotografii pána a pak se vydá na procházku do Alexanderovy zahrady. Zde se Azazello posadí k ní a informuje ji, že ji určitý šlechtický cizinec pozve k návštěvě. Margarita pozvání přijme, protože doufá, že se dozví alespoň něco o Mistrovi. Večer téhož dne se Margarita, která se nahá svléká, otře tělem krémem, který jí Azazello dal, se stane neviditelným a vyletí z okna. Když Margarita přeletěla kolem spisovatelského domu, uspořádala rutinu v bytě kritika Latunského, který podle jejího názoru zabil pána. Poté se Margarita setká s Azazelem a vede ji do bytu č. 50, kde se setká s Wolandem a zbytkem jeho družiny. Woland žádá Margaritu, aby byla královnou na jeho plese. Na oplátku slibuje splnit její přání.
O půlnoci začíná jarní úplněk - velký míč u Satana, ke kterému podvodníci, popravčí, obtěžovatelé, vrahové - zločinci všech dob a národů; muži jsou v ocasu, ženy jsou nahé. Několik hodin pozdraví nahá Margarita hosty a odhaluje její ruku a koleno na polibek. Konečně je míč u konce a Woland se ptá Margarity, co chce jako odměnu za to, že je hostitelkou míče. A Margarita okamžitě žádá, aby jí pán vrátil. Poté se mistr objeví v nemocničním oděvu a Margarita poté, co s ním konzultovala, požádá Wolanda, aby je vrátil do malého domu na Arbatu, kde byli šťastní.
Mezitím se moskevská instituce začíná zajímat o podivné události, které se odehrávají ve městě, a všichni se uspořádají v logicky jasném celku: tajemný cizinec Ivan Bezdomny, černá magická sezení v Variety, dolary Nikanora Ivanoviče a zmizení Rimského a Likhodevova. Je zřejmé, že toto vše je dílem stejného gangu, vedeného tajemným kouzelníkem, a všechny stopy tohoto gangu vedou k bytu číslo 50.
Nyní se obrátíme na druhý příběh románu. V paláci Heroda Velikého vyslýchá Judský prokurátor Pontius Pilát zatčeného Ješuu Ga-Nozriho, kterého Sanhedrin odsoudil, aby urazil Caesarovu autoritu, a tato věta je poslána ke schválení Pilátovi. Když Pilát vyslýchá zatčeného, chápe, že před ním není lupič, který podněcoval lidi k neposlušnosti, ale putující filozof, který káže království pravdy a spravedlnosti. Římský státní zástupce se však nemůže zbavit muže, který je obviněn ze zločinu proti Caesarovi, a potvrzuje rozsudek smrti. Poté se obrátí na nejvyššího kněze židovského Caifa, který na počest nadcházejících velikonočních svátků může propustit jednoho ze čtyř zločinců odsouzených k smrti; Pilát žádá, aby to byl Ga-Nozri. Kaifa ho však odmítá a pustí lupiče Var-Ravvan. Na vrcholu Lysaya Gory jsou tři kříže, na nichž jsou odsouzeni ukřižováni. Poté, co se do města vrátil dav diváků, doprovázející průvod k místu popravy, na Bald Mountain zůstává pouze student Yeshua Levi Matvey, bývalý výběrčí daní. Popravčí bodne mučené odsouzené a náhle liják padá na horu.
Státní zástupce volá Afraniya, vedoucí jeho tajné služby, a nařídí mu, aby zabil Judu z Kiriathu, který přijal peníze od Sanhedrinu za to, že mu umožnil zatknout ve svém domě Ješuu Ga-Nozriho. Brzy se mladá žena jménem Niza údajně náhodně setká s Judou ve městě a udělá rande z města v Getsemanské zahradě, kde ho napadnou neznámí lidé, bodne ho nožem a odejme peněženku penězi. Po nějaké době Afranius podá Pilátovi zprávu, že Juda byl bodnut k smrti a do domu nejvyššího kněze byl hozen pytel peněz - třicet tetradrachmů.
Levi Matvey je přiveden k Pilátovi, který prokáže prokurátorovi pergamen s kázáním Ga-Nozriho. "Nejzávažnějším zločinem je zbabělost," čte státní zástupce.
Ale zpět do Moskvy. Při západu slunce se na terase jedné z moskevských budov rozloučí s městem Woland a jeho družinou. Najednou se objeví Levi Matvey, který nabízí Wolandovi, aby si vzal pána k sobě a odměnil ho mírem. "A proč ho nebereš na světlo?" - ptá se Woland. "Nezasloužil si světlo, zasloužil si mír," odpovídá Levi Matvey. Po nějaké době přijde Azazello do domu k Margaritě a pánovi a přinese si láhev vína - dárek od Wolandu. Po pití vína pán a Margarita padají bez pocitů; ve stejnou chvíli začíná otřes v domě smutku: pacient zemřel z místnosti číslo 118; a v tu chvíli v panském sídle na Arbatu se mladá žena najednou zbledla, svírala srdce a padla na zem.
Kouzelní černí koně odnášejí Wolanda, jeho družinu, Margaritu a mistra. "Váš román byl přečten," říká Woland Mistrovi, "a rád bych vám ukázal svého hrdinu." Asi dva tisíce let sedí na tomto webu a ve snu vidí měsíční cestu a chce jít po ní a mluvit s putujícím filozofem. Nyní můžete román ukončit jednou větou. “ "Volný, uvolnit!" Čeká na tebe! “ - pán křičí a nad černou propastí se rozsvítí obrovské město se zahradou, ke které se táhne lunární silnice, a po této silnici rychle vede státní zástupce.
"Rozloučení!" - křičí Woland; Margarita a pán jdou přes most přes potok a Margarita říká: „Tady je tvůj věčný domov, ti, které miluješ, k tobě přijdou večer a v noci chráním tvůj spánek.“
A v Moskvě, poté, co ji Woland opustil, vyšetřování ve věci zločineckých gangů pokračuje dlouhou dobu, avšak opatření přijatá k jejímu zajetí nedávají výsledky. Zkušení psychiatři došli k závěru, že členové gangu byli bezprecedentními silovými hypnotizéry. Uplyne několik let, na události těchto květnových dnů se zapomíná a na patriarchových rybnících se každý rok objevuje pouze profesor Ivan Nikolaevič Ponyrev, bývalý básník Bezdomovec, který sedí na stejné lavičce, kde se poprvé setkal s Wolandem, a poté, když šel po Arbatu, se vrací domů a vidí stejný sen, ve kterém k němu přicházejí Margarita i pán a Yeshua Ga-Nozri a krutý pátý žalobce Judea, jezdec Pontius Pilát.
