Právě tento žánr, charakteristický pro literaturu 18. století, si Goethe vybere pro svou práci, akce se koná v jednom z malých německých měst na konci 18. století. Román se skládá ze dvou částí - jedná se o dopisy samotného Werthera a jejich dodatky pod nadpisem „Od vydavatele ke čtenáři“. Wertherovy dopisy jsou adresovány jeho příteli Wilhelmovi, v němž se autor snaží nejen popsat události života, ale zprostředkovat své pocity, které svět kolem něj evokuje.
Werther, mladý muž z chudé rodiny, vzdělaný, náchylný k malbě a poezii, se usazuje v malém městě, aby byl sám. Užívá si přírody, komunikuje s obyčejnými lidmi, čte svého milovaného Homera, kreslí. Při mimoměstském plesu potká Charlottu S. a zamiluje se do ní bez vzpomínek. Lotta, to je jméno blízkých přátel dívky, je nejstarší dcerou knížecího amtmana, celkem vzato, v jejich rodině je devět dětí. Jejich matka zemřela a Charlotte se jí navzdory mládí podařilo nahradit její bratry a sestry. Je nejen navenek atraktivní, ale má také nezávislé úsudky. Již v první den setkání s Wertherem s Lottou je odhalena shoda vkusu, snadno se navzájem pochopí.
Od té doby tráví mladík většinu času denně v amtmanově domě, což je hodinová procházka od města. Spolu s Lottou navštěvuje nemocného pastora, pečuje o nemocnou dámu ve městě. Každou minutu strávenou blízko ní dává Wertherovi radost. Láska mladého muže je však od počátku odsouzena k utrpení, protože Lotta má snoubenec, Albert, který šel získat solidní práci.
Přijíždí Albert, a přestože s Wertherem zachází s láskou a jemně skrývá projevy svých citů pro Lotte, mladý zamilovaný muž na ni žárlí. Albert je zdrženlivý, rozumný, považuje Werthera za vynikající osobu a odpouští mu jeho neklidnou dispozici. Werther je tvrdý na přítomnosti třetí osoby na rande s Charlotte, upadá do neomezené zábavy, pak do pochmurných nálad.
Jednou, aby se trochu rozptýlilo, Werther jde po horách a žádá Alberta, aby mu na cestě půjčil pistole. Albert souhlasí, ale varuje, že nejsou zpoplatněny. Werther si vezme jednu zbraň a položí ji na čelo. Tento neškodný vtip se mění ve vážnou debatu mezi mladými lidmi o muži, jeho vášních a mysli. Werther vypráví příběh dívky opuštěné jejím milencem a vrhl se do řeky, protože bez něj život pro ni ztratil veškerý význam. Albert považuje tento akt za „hloupého“, odsuzuje člověka, který ztratí vášně a ztrácí schopnost rozumu. Naopak, naopak, odmítá přílišnou racionalitu.
K narozeninám dostává Werther od Alberta svazek jako dárek: má luk z Lotty, ve kterém ji poprvé spatřil. Mladý muž trpí, chápe, že se musí pustit do práce, odejít, ale vždy odkládá okamžik oddělení. V předvečer odjezdu přichází do Lotte. Jdou na svůj oblíbený altán v zahradě. Werther neříká nic o blížícím se odloučení, ale dívka, jako by ji předvídala, začala rozhovor o smrti ao tom, co bude následovat. Vzpomíná na svou matku, poslední minuty, než se s ní rozešla. Werther, nadšený jejím příběhem, přesto najde sílu opustit Lottu.
Mladý muž odchází do jiného města, stává se úředníkem posla. Posel je vybíravý, pedantský a hloupý, ale Werther se spojil s hrabětem von K. a v rozhovorech s ním se snažil rozjasnit jeho osamělost. V tomto městě, jak se ukazuje, jsou majetkové předsudky velmi silné a mladý muž je neustále upozorňován na svůj původ.
Werther se setká s dívkou B., která se vágně podobá nesrovnatelné Charlotte. Často s ní mluví o svém minulém životě, včetně vyprávění o Lotte. Okolní společnost obtěžuje Werthera a jeho vztah s poslem se zhoršuje. Věc končí tím, že si posel stěžuje na ministra, stejně jako křehká osoba, píše mladému muži dopis, ve kterém ho prohlásí za příliš citlivého a snaží se své extravagantní myšlenky nasměrovat směrem, kde najdou správnou aplikaci.
Werther je na chvilku smířen se svou pozicí, ale existuje „nepříjemnost“, která ho nutí opustit službu a město. Byl na návštěvě u hraběte von K., posadil se, v tuto chvíli se začali shromažďovat hosté. Ve městě však nebylo obvyklé, aby se muž nízké třídy objevil ve vznešené společnosti. Werther si hned neuvědomil, co se děje, kromě toho, že viděl známou dívku B., promluvil s ní, a teprve když na něj všichni začali mžourat a jeho partner nemohl konverzaci sotva udržet, mladý muž spěšně odešel. Následující den se po celém městě rozšířily klepy, které hrabě von K. vykopnul Werthera z jeho domu. Mladý muž nechce čekat, když je požádán o odchod ze služby, a předloží rezignaci a odchází.
Nejprve Werther cestuje do svých rodných míst a oddává se sladkým vzpomínkám na dětství, poté přijme pozvání prince a jde do svého majetku, ale tady se cítí na místě. Nakonec se již nedokáže odloučit a vrací se do města, kde Charlotte žije. Během této doby se stala manželkou Alberta. Mladí lidé jsou šťastní. Vzhled Wertheru přispívá k jejich rodinnému životu. Lotte sympatizuje s zamilovaným mladým mužem, ale jeho trápení nevidí. Werther spěchá, často sní o tom, že usne a už se neprobudí, nebo chce spáchat hřích a poté ho odčinit.
Jednou, když se procházel po okraji města, setkal se Werther s bláznivým Henrym a sbíral kytici květin pro své milované. Později se dozví, že Henry byl písař s Lotteiným otcem, zamiloval se do dívky a láska ho zbláznila. Werther cítí, že obraz Lotty ho pronásleduje a nemá dost síly, aby ukončil utrpení. K tomu se odlamují dopisy mladého muže a my se dozvíme o jeho budoucím osudu od vydavatele.
Láska k Lotte dělá Werthera nesnesitelným pro ostatní. Na druhé straně se rozhodnutí opustit svět stále více posiluje v duši mladého muže, protože prostě nemůže opustit milovaného. Jednoho dne najde na Štědrý den Lottu, jak rozdává dárky pro své příbuzné. Obrátí se k němu se žádostí, aby k nim přišla příště ne dříve než Štědrý den. Pro Werthera to znamená, že je zbaven poslední radosti v životě. Další den však stále odchází do Charlotty a společně si přečetli výňatek z Wertherova překladu Ossianových písní. Mladý muž v záchvatu nejasných pocitů ztrácí kontrolu nad sebou a přistupuje k Lotte, pro kterou ho žádá, aby ji opustil.
Po návratu domů Werther zařídí své záležitosti, píše rozloučenou se svým milencem, pošle sluhu s poznámkou Albertovi na pistole. Přesně o půlnoci se ve Wertherově pokoji střílí. Ráno najde sluha mladého muže, který stále dýchá, na podlaze dorazí léčitel, ale už je pozdě. Albert a Lotta se obávají Wertherovy smrti. Pohřbili ho nedaleko města, na místě, které si vybral pro sebe.
