Román se skládá z pěti částí - každá vypráví o jednom z poprav Pána, který dopadl na Zemi, jak předpovídal prorok Ezekiel.

První část - „Podobenství o ztraceném bratrovi“ - vypráví o druhé popravě - hladu. Tato scéna je hladová Ukrajina v době kolektivizace; 1933. Ve venkovské čajovně se Maria, žebrák, snaží prosit o něco Krista, ale nikdo jí nedává - kromě židovského chlapce, který s ní sdílí nečistý chléb exilu. Vesničané jsou pobouřeni jednáním cizince; dívčí chléb je odebrán. Chlapec, který dal svůj chléb, je Dan, Aspid, Antikrist, bratr Krista Mesiáše. Prostřednictvím zjevení proroků komunikuje s Pánem, který ho poslal na Zemi, do Ruska, protože tento lid lhal Pánu, opustil ho - a tak nahradil dřevěný třmen železným třmenem.

Dívka Maria se spolu se svým mladším bratrem Vasyou vrací do své hladovějící vesnice. Matka se rozhodne oddělit rodinu - hodit jedno z dětí na cizince, jen někoho nechte; odchází za prací do jiného města. Před odjezdem vede Mary a Vasya do města; pro hladové dítě cizinec znovu podává chléb, ale jeho matka vyhodí kus „ne našeho, pravoslavného“. Později ve městě děti znovu požádají Antikrista o almužnu, ale tentokrát je zastaví policista - je zakázáno žebrat.

Opuštěné matkou děti padají do přijímače. Dostávají průvodce, aby se s jejich pomocí mohli vrátit domů. Na cestě dirigent znásilňuje Mary a uteče. Děti znovu přicházejí do útulku; v noci jim hlídač vypráví příběh o „Božím dítěti“ „Ježíše Krista“, mučeného Židy. Mary je odvezena z města. Dívka uteče; Jakmile byla sama na zasněženém poli, toulala se po ní skrz Boží pláč, ze kterého je osvíceno srdce. Maria hledá svou starší sestru Ksenia, žije ve svém domě asi rok. Jakmile se stane zbytečným svědkem rodinných scén (její sestra podvádí svého manžela a jejího milence) a je poslána zpět do vesnice. Také zde nikdo není šťastný; Marie křičela z nespravedlnosti a putovala znovu po poli; tam potká Dan, antikrista. Když se zeptal na příčinu slz, dívka odpoví: „protože židovští Židé zabili Syna Božího a nyní je v nebi, a Vasya, můj bratr, na zemi, ve městě Izum.“ Izaiášovo proroctví se tedy splnilo: „Byl jsem zjeven těm, kteří se na mě neptali, ti, kteří mě našli, mě nehledali.“

Mary jde do Kerche, k její matce. Po nějaké době matka zemře, Marie se stává přístavní prostitutkou. Jakmile hladoví, znovu se setká s Danem a dá jí nečistý chléb. Mary ho platí svou láskou. Antikrist jde dále; Země a lidé za lhaní Pánu jsou předurčeni k druhému trestu - meč. Marie, usvědčená z prostituce a tuláka, porodí syna Vasyu ve vězení od Dana. V roce 1936 zemře.

Druhá část začíná diskusí o napodobování Pána - instinktivně nebo skrze mysl. Autor hájí myšlenku, že Židé nejsou lepší a horší lidé; ale tento lid je pozoruhodný svými proroky, kteří věděli, jak naslouchat Pánu. V „Podobenství o agónii bezbožných“ je řečeno dívce Annushce. Žije v Rzhevu se svou matkou a dvěma bratry; jeden z nich zemře vinou své sestry. Jakmile zloději přijdou na Annushku; během vyšetřování dívka ukazuje na nevinného muže - je poslán do vězení. Matky dostaly nový byt. Jakmile Dan, Antikrist přijde do Annushky. Když zkoumá nástěnné malby na stěnách (Annushka žije v bývalém kostele - kvůli tapetám na zdi se objevuje tvář Krista), uvažuje o tom, že křesťané nahradili Krista idolem, vycizeným Alexandrijským mnichem; nyní, na jaře 1941, byl tento mnich zase nahrazen „asýrským průvodcem lázní“ - Stalinem. Nad chaty Rzhev má Antikrist vidění meče - Pánova slova se splní: „Běda městu krve a já vypálím velký oheň.“ Válka začíná. Annushka matka umírá; dívka jde do sirotčince. Annushka, která během okupace dokázala komunikovat s Němci, se naučila nenávidět Židy. Sirotčinec Shulamith naštve ji. Vzhledem ke skutečnosti, že během evakuace přišel Žid k dobré adoptivní matce, informuje Annushka Němce, že Sulamith není Rus. Židka je zabita, Annushka je poslán do Německa, aby pracoval. Před jejím odjezdem přijde Dan do vlaku a požádá dívku, aby nahlas přečetla v Německu list papíru, který jí dá. Antikrist musí proklínat Němce, protože Pán jednou proklel Babylona skrze Jeremiáše. Prorok sám nemůže vstoupit do zlé země.

Jedna z žen, které byly ukradeny společně s Annushkou, žádá Dana, aby vzal její dítě, dívku Pelageya. Němci, kteří si všimli Žida, se ho snaží zabít, ale je nemožné zabít Antikrista.

Annushka splňuje Danův pochůzek - zlé Německo, které nenávidí Boha a jeho milované lidi, je prokleto. Annushka sama brzy umřela na horečku.

Akce „Podobenství cizoložství“, která vypráví o třetí popravě - chtíči, se koná v roce 1948. Rodina Kolosov žije ve městě Volga v Bor - přední voják Andrei, jeho manželka Vera a dvě dcery Tasya a Ustya. Poblíž bydlí podivná židovská rodina - Dan Yakovlevich a jeho dcera Rufina, kteří jsou zcela odlišní od židovky. Věra Koposová, jejíž vztah s jejím manželem je velmi komplikovaný (věří, že jeho žena k němu byla během války nevěrná), se s ním setkal s Danem. Uvědomila si, že nemůže přímo svést Žida, a přivedla s sebou svou dceru Tasya. Také se zamiluje do Dany. O těchto datech to otec zjistí. Společně s scammerem Pavlovem se snaží zabít Antikrista, ale to není možné. Faith přijde k Danovi a nabídne její přímluvu výměnou za spaní s ní. Antikrist, milující dcera, je nucena dopustit se cizoložství se svou matkou. Rufina se náhodou ukázala jako svědek jejich setkání, a Tasia vidí všechno a mluví o hříchu matky se svým otcem. Nejprve se pokusil zabít svou ženu, pak ten den zemřel smutkem. Rufina mezitím prchá do lesa; tam ji téměř znásilnil chlípný antisemitský Pavlov; dívka je zachráněna pouze díky vzhledu dvou naběraček. Po této zkušenosti si Ruth uvědomí, že je prorokyní, a smíří se svým otcem s kletbou očištěnou od svého hříchu.

Čtvrtá část, na jejímž základě je „podobenství o nemoci ducha“, vypráví o pronásledování Židů na počátku 50. let. Tomuto podobenství předchází úvod - autorova reflexe o ruském antisemitismu. Za tuto duchovní nemoc Bůh pošle čtvrtý trest - nemoc, mor.

Dvě děti, Nina a Misha, z Vitebska, přicházejí do Moskvy do rodiny Ivolginů, sestávající z židovského uměleckého kritika, jeho ruské manželky Claudius a jejich syna Savelyho. Jsou to synovci Claudia; jejich rodiče byli zatčeni na základě obvinění z běloruského nacionalismu. Oriolové, lidé, kteří se bojí všeho, kteří skrývají své židovství ve všech směrech, opouštějí své děti. Rodina Ivolginů mlčky sledují dva ze svých sousedů v bytě - židovský školník Dan Yakovlevich a jeho dcera. V zemi v této době existují masivní zjevení židovských kosmopolitů. Zbabělý Ivolgin, který se pokoušel chránit před zatčením účastí na pronásledování svého lidu, byl brzy zatčen. Při prvním výslechu ho vyšetřovatel zabije.

Po roce 1953 má ovdovělá Claudia nového obdivovatele - starého muže Ilovaisky, rozumného antisemita. Vedl s Danem dlouhou debatu o ruském křesťanství. Jako příklad, starý muž láme šálek: celek je jednoduchý; zlomený, stává se komplikovaným. Dan, Antikrist, cítí, že je nemožné hádat Ilovaisky - křesťanství je příliš zkreslené v řeckých a středověkých interpretacích. Slovo, o kterém hovořilo evangelium Jana a Ilovayského, ve skutečnosti pouze degraduje význam.

Předmluva k páté části - „Podobenství o zlomené chalici“ - je autorovým diskurzem o vztahu mezi judaismem a křesťanstvím. Hrdiny páté části jsou děti Antikrista z různých matek: Andrei Koposov, syn Věry, Vasily Korobkov, syn Marie, a prorokyně Pelageya-Ruth, adoptovaná dcera Dan. Vasily, Andrei a Savely Ivolgin studují na Literárním institutu. Sám Andrew přichází k Bibli a chápe její význam - opak křesťanů. Kdysi dávno se mladí lidé sblížili na módní přehlídce v Tretyakovské galerii; Pelagia rozpoznává v militantním antisemitu Vasilii syna svého otce. Proklínání „Židů“ dělá skandál. Když se Vasily přesvědčil o své podobnosti s otcem, „Židem“, zavěsil se.

Andrei navštěvuje jeho matka Vera Koposova. Říká mu, že je Danovým synem. Andrei, „dobré semeno“, se setká se svým otcem; shromážděná rodina tiše slaví židovský náboženský svátek.

Savely vytváří v alchymické baňce dva „filosofické muže“, kteří jsou z poloviny bláznivě chtiví. V rozhovorech s nimi se učí odpovědi na nejdůležitější otázky - o cestách k Bohu, o pravdě, dobrém a zlém, o racionálním ospravedlnění víry v Boha. Nakonec upadl do šílenství a byl převezen do psychiatrické léčebny.

Pelagia, žijící v panně, cítí, že nastal čas stát se ženou. Podle příkladu Lotových dcer svádí svého otce Antikrista. S pocitem, že se naplňuje Pánův plán, znásilňuje ji, zatímco je pod vlivem alkoholu. Prorokka Pelagia počala syna z Antikrista. Ten, kdo udělal všechno, co mu bylo určeno na Zemi, zemře. Před smrtí nařídil svému synovi Andreimu, který jde k Bohu nejobtížnějším způsobem - skrze mysl, pochybnostmi.

Syn Pelagie a Antikrista, také Dan, poslouchá, jak mu jeho matka čte projevy proroka Deuteronomy, dlouho předtím, než Kristus vyjádřil stejné myšlenky.

Andrei, Pelagia se synem a Saveliy se uzdravili, vycházeli z města do lesa. Při pohledu na drsnou zimní povahu chápou podstatu antagonismu Krista a Antikrista: první je ochránce hříšníků a pronásledovatelů, druhý sponzoruje oběti pronásledování. Blíží se za pronásledování, páté nejhorší poprava - žízeň podle slova Pána, od kterého Kristus nezachrání.