Březen 1865. Ve Spojených státech uteklo během občanské války pět odvážlivců-northernerů z jižních břehů Richmondu. Strašlivá bouře hodí čtyři z nich na břeh neobydleného ostrova na jižní polokouli. Pátý muž a jeho pes se skrývají v moři u pobřeží. Tento pátý - jistý Cyres Smith, talentovaný inženýr a vědec, duše a vůdce skupiny cestujících - nevědomky udržuje své společníky v napětí několik dní, kteří nikde jemu ani psovi Top, kterého se mu věnují, nemohou najít. Bývalý otrok trpí nejvíce a Smithův nyní věrný služebník je černoch. V balónu byli také válečný novinář a Smithův přítel, Gideon Spilet, velmi energický a rozhodný člověk se sebevědomou myslí; námořník Pencrof, dobrodruh a odvážný odvážlivec; Patnáctiletý Harbert Brown, syn kapitána lodi, na které Pencroff plul, zůstal sirotkem a s ním námořník zachází jako se svým vlastním synem. Po únavném hledání najde Nab konečně svého nevysvětlitelně zachráněného hostitele, míli od pobřeží. Každý z nových osadníků ostrova má nenahraditelný talent a pod vedením Cyres a Spileta se tito stateční lidé shromáždí a stanou se spojeným týmem. Nejprve pomocí nejjednodušších dostupných prostředků, poté ve svých malých továrnách vyráběli stále více a více složitých předmětů práce a zboží pro domácnost, osadníci si vybavili své životy. Loví, sbírají jedlé rostliny, ústřice a pak dokonce chovají domácí zvířata a zabývají se chovem. Zařizují si ubytování vysoko ve skále, v jeskyni osvobozené od vody. Kolonisté díky své tvrdé práci a inteligenci brzy neznají potřebu jídla, oblečení, tepla a pohodlí. Mají všechno kromě zpráv o své vlasti, o osudu, o který se velmi bojí.
Jednou, když se vrátili do svého obydlí, které jim říkali Žulový palác, uvidí, že uvnitř opice vycházejí opice. Po nějaké době, jako by pod vlivem šíleného strachu, opice začaly vyskočit z oken a něčí ruka vyhodila žebřík, který opice zvedla do domu. Uvnitř lidé najdou další opici - orangutana, kterou udržují a nazývají strýc Jupe. V budoucnu se Jupe stane přítelem, služebníkem a nepostradatelným pomocníkem pro lidi.
Další den osadníci najdou v písku krabici s nástroji, střelnými zbraněmi, různými spotřebiči, oblečením, kuchyňským náčiním a knihami v angličtině. Osadníci přemýšleli, odkud může tato skříňka pocházet. Z mapy, která se také objevila v poli, zjistili, že vedle jejich ostrova, na mapě neoznačené, je ostrov Tabor. Námořník Pencrof touží po něm. S pomocí svých přátel staví bota. Když je bota připravena, všichni spolu jdou na testovací plavbu kolem ostrova. Během toho najdou láhev s poznámkou, že ztroskotaný muž čeká na spásu na ostrově Tábor. Tato událost posiluje důvěru Pencroffa při návštěvě sousedního ostrova. Pencrof, novinář Gideon Spilet a Harbert vypluli. Když dorazili do Tábora, objevili malou chatrč, kde nikdo podle všech náznaků nežil dlouho. Rozptýlí se po ostrově, doufají, že neuvidí živého člověka, a snaží se najít alespoň jeho ostatky. Najednou uslyší Harbert křičet a spěchat k jeho pomoci. Vidí, jak se Harbert potýká s jakýmsi opičím stvořením. Ukazuje se však, že opice je divoký muž. Cestovatelé ho spojí a dopraví na svůj ostrov. Dají mu samostatnou místnost v Granite Palace. Díky jejich pozornosti a obavám se divoši brzy změní v civilizovaného muže a vypráví jim jeho příběh. Ukazuje se, že se jmenuje Ayrton, je bývalým zločincem, chtěl se zmocnit plachetnice Duncan a pomocí stejných vrstev společnosti se proměnil v pirátskou loď. Jeho plány však nebyly předurčeny k uskutečnění a jako trest před dvanácti lety byl ponechán na neobývaném ostrově Tábor, aby si uvědomil svůj skutek a odčinil jeho hřích. Majitel „Duncan“ Eduard Glenarvan však řekl, že jednoho dne se vrátí do Ayrtonu. Osadníci viděli, že Ayrton upřímně lituje svých minulých hříchů, a snaží se jim být užitečným ve všech směrech. Proto nejsou ochotni ho soudit za minulé pochybení a ochotně ho přijmout ve své společnosti. Ayrton však potřebuje čas, a proto žádá o příležitost žít v korálu, který osadníci postavili pro svá domestikovaná zvířata v určité vzdálenosti od Granite Palace.
Když se bot v noci vrátil do bouře z ostrova Tábor, zachránil ho táborák, který, jak si mysleli, vznášeli se na něm, zapálili jejich přátelé. Ukazuje se však, že do toho nebyli zapojeni. Ukazuje se také, že Ayrton nevrhal do moře láhev poznámky. Osadníci nemohou tyto záhadné události vysvětlit. Stále více se přiklánějí k myšlence, že na ostrově Lincoln, když ho pokřtili, existuje ještě někdo, jejich záhadný dobrodinec, který často přichází na pomoc v nejtěžších situacích. Dokonce se pustí do pátrací expedice v naději, že najdou místo svého bydliště. Hledání však končí bez úspěchu.
Příští léto (protože už je to pět měsíců, co se Ayrton objevil na jejich ostrově a dokud jim neřekl svůj příběh a léto skončilo a je nebezpečné plavit se v chladném období), se rozhodnou vrátit zpět k Taborské ostrovy zanechají v chatě poznámku. V poznámce mají v úmyslu varovat kapitána Glenarvana, pokud se vrátí, že Ayrton a pět dalších zničených obětí čekají na pomoc na sousedním ostrově.
Osadníci žijí na svém ostrově tři roky. Jejich život, jejich ekonomika dosáhla prosperity. Již nyní sklízejí bohaté plodiny pšenice vypěstované z jediného zrna, které bylo nalezeno v Harbertově kapse před třemi lety, postavili mlýn, zvýšenou drůbež, kompletně vybavili své obydlí, vyrobili si nové teplé oblečení a přikrývky pro sebe z muflonové vlny. Jejich mírumilovný život je však zastíněn jedním incidentem, který je ohrožuje smrtí. Jakmile se podívali na moře, uviděli v dálce dobře vybavenou loď, ale nad lodí letí černá vlajka. Loď kotví u pobřeží. Ukazuje krásné zbraně dlouhého doletu. Ayrton se vplíží do lodi pod nočním krytem, aby provedl průzkum. Ukázalo se, že na lodi je padesát pirátů. Ayrton se zázračně sklouzl pryč a vrací se na břeh a říká svým přátelům, že se potřebují připravit na bitvu. Příští ráno sestoupí z lodi dvě lodě. Nejprve osadníci střílejí tři a ona se vrací, druhá země na pláži a šest zbývajících pirátů na její kůži v lese. Děla jsou spálena z lodi a blíží se k pobřeží. Zdá se, že nic nemá moc zachránit hrst osadníků. Najednou pod lodí prudce naroste obrovská vlna a klesá. Všichni piráti na něm zemřou. Jak se později ukázalo, loď byla vyhořena důlem a tato událost konečně přesvědčila obyvatele ostrova, že zde nejsou sami.
Nejprve se chystají vyhladit piráty a chtějí jim dát příležitost vést mírový život. Ukazuje se však, že lupiči to nejsou schopni. Začnou okrádat a spalovat domácnosti osadníků. Ayrton jde do korálů navštívit zvířata. Piráti ho popadli a odvedli do jeskyně, kde ho chtějí mučit, aby s mučením souhlasili. Ayrton se nevzdává. Jeho přátelé jdou na jeho pomoc, ale jsou vážně zraněni v Harbertově korálu a jeho přátelé v něm zůstávají, nemohou se vrátit s umírajícím mladým mužem. Po několika dnech stále odcházejí do žulového paláce. V důsledku přechodu začíná Harbert maligní horečku, je na smrti. Opět prozřetelnost zasahuje do jejich života a ruka jejich dobrého tajemného přítele jim hodí potřebný lék. Harbert se plně zotavuje. Osadníci mají v úmyslu dodat pirátům poslední úder. Jdou do korálů, kde je mají v úmyslu najít, ale najdou Ayrtona, který je vyčerpaný a sotva naživu, a poblíž mrtvoly lupičů. Ayrton hlásí, že neví, jak skončil v korálu, který ho přivedl z jeskyně a zabil piráty. Nicméně, on hlásí jednu smutnou zprávu. Před týdnem šli bandité na moře, ale nevěděli, jak ovládat robota, a rozbili ho na pobřežních útesech. Výlet do Tábora musí být odložen, dokud nebude provedena výstavba nového vozidla. Během následujících sedmi měsíců se tajemný cizinec necítí dobře. Mezitím se na ostrově probudí sopka, o níž si kolonisté mysleli, že je už mrtvá. Staví novou velkou loď, která je v případě potřeby může přivést na obydlenou zemi.
Jednoho večera, už se připravují na spaní, uslyší obyvatelé Granitského paláce zvonek. Telegraf, který strávil od korálů do jejich domu, funguje. Naléhavě jsou povoláni do korálů. Tam najdou poznámku, v níž je žádají, aby šli po dalším drátu. Kabel je vede do obrovské jeskyně, kde ke svému úžasu vidí ponorku. V něm se setkávají se svým pánem a patronem, kapitánem Nemem, indickým princem Dakkarem, který celý život bojuje za nezávislost své vlasti. Už je šedesátiletý muž, který pohřbil všechny své společníky, je blízko smrti. Nemo dává novým přátelům rakev s drahokamy a varuje, že když vybuchne sopka, ostrov (taková je jeho struktura) exploduje. Zemře, osadníci zvednou poklopy lodi a snižují ji pod vodu a celý den neúnavně staví novou loď. Nemají však čas to dokončit. Celý život zahyne během exploze ostrova, z níž zůstává jen malý útes v oceánu. Osadníci, kteří strávili noc ve stanu na pobřeží, jsou vlněni do moře. Všichni, s výjimkou Jupea, zůstávají naživu. Už déle než deset dní seděli na útesu, téměř umírali hladem a už nic doufali. Najednou vidí loď. Tohle je Duncan. Zachraňuje každého. Jak se později ukázalo, kapitán Nemo, zatímco bota byla stále neporušená, vznášel se na Taboru a zanechal poznámku záchranářům.
Vracející se do Ameriky za šperky, které daroval kapitán Nemo, si přátelé koupili velkou část země a žili na ní stejně jako na ostrově Lincoln.