V domě Ivana Petroviče Shuisky se za přítomnosti mnoha duchovních a některých bojarů rozhodli rozvést Fjodora Ioannoviče s Tsarinou, Godunovou sestrou, díky níž je Boris podle všeho udržován. Vymýšlejí noviny, kde si vzpomínají na neplodnost královny a dětství Demetriuse a žádají krále, aby uzavřel nové manželství. Golovin na Shuisky naznačuje, že je možné umístit Demetriuse na místo Fedora, ale dostává přísné odmítnutí. Princezna Mstislavskaya nosí hosty kolem, pije Fedorovo zdraví. Shakhovsky, ženich Mstislavskaja, dohazovač Volokhov, volá místo tajného setkání. Ivan Petrovich posílá petici metropolitě a lituje, že je třeba královnu zničit. Fedyuk Starkov, jeho sluha, referuje o tom, co Godunov viděl. Poté, co dostal od Uglicha informace o Golovinově vztahu s Nagimim a viděl hrozbu pro jeho moc, oznamuje svým stoupencům Lup-Kleshnin a princ Turenin rozhodnutí se smířit se Shuisky. Fyodor dorazí a stěžuje si na vyloupeného koně. Objeví se královna Irina, kterou Fedor zlomyslně informuje o kráse Mstislavské, kterou viděl v kostele, a okamžitě ujistí královnu, že je pro něj krásnější než všichni ostatní. Godunov hovoří o touze vyrovnat se se Shuiskym a car to s radostí přebírá.

Fedor oznamuje svůj úmysl smířit Godunova se Shuisky a žádá o pomoc metropolitní dionýzii a další duchovenstvo. Dionysius obviňuje Godunova z útlaku církve, shovívavého kacířství a obnovení výběru daní, z nichž byl kostel osvobozen. Godunov mu předkládá ochranné dopisy a zprávy o pronásledování provedené hereze. Král žádá o podporu Irinu a bojary. Doprovázen populárním nadšením přichází Ivan Petrovič Shuisky. Fedor mu vyčítá, že nenavštívil Dumu. Shuisky je odrazován nemožností souhlasu s Godunovem. Fjodor, vzpomínaje na Písma a povolávajícím duchovenstvo za svědky, hovoří o výhodách usmíření a Godunov, poslušný mu, nabízí Shuisky souhlas. Shuisky mu vyčítá, že nechce sdílet státní kontrolu, kterou John odkázal pěti bojarům: Zakharyin (zesnulý), Mstislavsky (násilně mučený), Belsky (vyhoštěný), Godunov a Shuisky. Godunov, který se ospravedlňuje, hovoří o Shuiskyho aroganci, že jedinou moc využil ve prospěch Ruska, což dokazuje také; dodává, že obtížným úkolem uvést frustrovaný stát do pořádku byl jen Shuysky. A když Ivan Petrovič volá svého stoupence Metropolita, podá zprávu o Godunovově jednání ve prospěch církve a přesvědčí Shuisky k míru. Irina, ukazující její vyšívaný kryt svatyně Pskov, připouští, že toto je její modlitební slib za spasení Shuisky, kdysi obléhali Litevci v Pskově. Vzrušený Shuisky je připraven zapomenout na staré nepřátelství, ale požadavky od Godunovských bezpečnostních záruk vůči jeho spolupracovníkům. Godunov přísahá a políbí kříž. Zvou zvolené z davu, který přinesl Shuisky. Fyodor mluví se starým mužem a neví, jak ho zastavit, ve svém synovci pozná obchodníka Krasilnikov, který ho nedávno pobavil medvědím bojem, vzpomíná na svého bratra Goluba, který porazil Shakhovského v pěstech. . Shuisky oznamuje smíření s Godunovem, obchodníci se bojí („Smiřujete naše hlavy“), Shuisky je otráven nedůvěrou vůči tomu, kdo právě přísahal na kříži. Obchodníci žádají o ochranu před králem Godunovem, ale pošle je Borisovi. Boris tiše nařídí, aby si zapsal jména obchodníků.

V noci na zahradě Shuisky Princezna Mstislavskaja a Vasilisa Volokhova čekají na Shakhovsky. Přichází, mluví o lásce, netrpělivosti, se kterou svatba čeká, smíchu a vtipech s ní. Krasilnikov se rozběhne, pustí dovnitř, Shakhovsky se schovává, žádá Ivana Petroviče a hlásí, že každý, kdo byl s carem, byl zajat Godunovovým příkazem. Šokovaný Shuisky přikazuje Moskvě vstoupit do Godunova. Naznačil, že se Dimitri Golovin náhle rozpadl, a řekl, že se Boris podvedl do podvodu, a šel k caru. Zbývající bojarové mezitím projednávají petici a hledají novou královnu. Vasily Shuisky volá princeznu Mstislavskou. Její bratr se okamžitě nerozhodl a chtěl najít alespoň důvod pro hádku se Shakhovským. Zatímco váhá, Golovin píše jméno princezny do petice. Objeví se Shakhovskaya, která prohlašuje, že se nevzdá nevěsty. Nalezena je i princezna a Volochova. S obecným výkřikem, vzájemnými hrozbami a výčitkami Shakhovskaya popadne dopis a uteče. Godunov předkládá cárským státním dokumentům, do jejichž obsahu nechodí, ale souhlasí s Borisovými rozhodnutími. Carina Irina hovoří o dopisu od Uglicha od královny vdovy se žádostí o návrat s Dimitriem do Moskvy. Fyodor věc svěřil Borisovi, ale Irina od něj požadovala řešení „rodinné záležitosti“; Fedor se dohaduje s Borisem a je otráven jeho houževnatostí. Shuisky přichází, stěžuje si na Godunova. Neodemkne se a vysvětlí, že obchodníci nebyli vzati za minulost, ale za pokus o rozrušení světa mezi ním a Shuisky. Car je připraven odpustit Godunovovi, protože věří, že si navzájem jednoduše nerozuměli, ale vytrvalá poptávka opustit prince v Uglichu se nakonec na cára rozzlobí. Godunov říká, že ustupuje Shuisky, Fedor ho prosí, aby zůstal, Shuisky, zraněný carovým chováním, odchází. Kleshnin přináší dopis Golovina Nagima zaslaný z Uglichu, Godunov to ukáže cárovi a požaduje, aby byl Shuisky vzat do vazby a případně popraven. V případě selhání hrozí odchodem. Šokovaný Fedor po dlouhém váhání odmítá Godunovovy služby.

Konzole konzole Ivan Petrovič Shuisky princezna Mstislavskaja: nedovolí jí, aby se oženila s carem, a doufá, že je Shakhovskaya neinformuje. Posílám princeznu přijímá bojary a uprchlíky Krasilnikov a Dove a za předpokladu odstranění chudého Fedora a enthronementu Demetriuse definuje úkoly každého. Odcizený Godunov, který seděl doma, zeptá se Kleshnina na Volokhovu a mnohokrát opakuje, „aby děvka prince děvka dělala“. Kleshnin posílá Volokhov k UGLICH nové matce, nařídí mu, aby byl chráněn, a naráží na to, že pokud se princ trpící paddy zabije sám, nebudou se na to ptát. Mezitím Fedor nedokáže přijít na papíry, které mu byly předloženy. Kleshnin přichází a hlásí, že Boris onemocněl frustrací, a Shuisky musí být okamžitě uvězněn za jeho úmysl povýšit Demetriuse na trůn. Fedor nevěří. Vstupuje Shuisky, o kterém Fedor mluví o výpovědi a žádá ho, aby se ospravedlnil. Princ odmítá, král trvá na tom, Kleshnin tlačí. Shuisky se přiznává k povstání. Fjodor, vyděšený tím, že Godunov potrestá Shuisky za zradu, prohlašuje, že sám nařídil postavit prince na trůn a vytlačil šokovaného Shuisky z místnosti. Shakhovskaya vtrhla do královských komor a žádá, aby mu nevěstu vrátili. Fedor poté, co viděl podpis Ivana Petroviče Shuisky, křičí a neposlouchá Irininy argumenty o absurditě papíru. Chrání Irinu před urážkami, podepisuje Borisovův rozkaz a děsí ji i Šakhovského. Na mostě přes řeku starý muž vzbouřil lidi pro Shuisky, husarský zpívá o jeho odvaze. Posel jede se zprávou o postupu Tatarů. Princ Turenin s lukostřelci vede Shuisky do vězení. Lidé, vyhnaní starcem, chtějí Shuisky osvobodit, ale hovoří o jeho vině před „svatým“ králem a že si zaslouží trest.

Kleshnin hlásí Godunovovi, že Shuisky a jejich příznivci jsou uvězněni, a představuje Vasilije Ivanoviče Shuisky. Obrací věc, jako by zahájil petici pro dobro Godunova. Vzhledem k tomu, že je Shuisky ve svých rukou, ho Godunov nechá jít. Tsarina Irina se přimlouvá za Ivana Petroviče. Godunov, uvědomující si, že Shuisky se s ním nepřestane hádat, je neústupný. Na náměstí před katedrálou žebráci hovoří o změně metropolity, která je vůči Godunově nepříjemná, o popravě obchodníků, kteří stáli za Shuisky. Tsarina Irina vede Mstislavskou, aby požádala o Shuisky. Fedor vychází z katedrály a sloužil jako rekrut pro Cara Ivana. Princezna spěchá k nohám. Fedor pošle prince Turenina na Shuisky. Ale Turenin hlásí, že se Shuisky v noci uškrtil, obviňuje se z výhledu (protože porazil dav přivedený do vězení Shakhovským a odrazil pouze střelbou Shakhovského). Fedor spěchá na Turenin, obviňuje ho ze zabití Shuisky a vyhrožuje mu popravou. Posel přináší dopis od Uglicha o smrti prince. Šokovaný král chce zjistit pravdu sám. Přichází zpráva o přístupu Chána a brzkém obléhání Moskvy. Godunov nabízí poslat Kleshnin a Vasily Shuisky a Fedor věří v Godunovovu nevinu. Princezna Mstislavskaya říká, že má v úmyslu nechat jí ostříhat vlasy. Fedor na radu své manželky předá Borisovi celé břemeno vlády a vzpomíná na svůj úmysl „dohodnout se na všem, vyhladit všechno“, truchlí nad jeho osudem a královskou povinností.